اعتبر الحزب الشيوعي التوقيع على اتفاق ميناء ابو عمامة تفريطاً في السيادة الوطنية وإهدار الموارد في غياب للشفافية وفي ظل سلطة انقلابية غير شرعية. وقال في بيان إن الاتفاق يمس السيادة الوطنية وهو من حق البرلمان المنتخب وحده.
وأوضح إن الأمر ينطبق على كل المشاريع التي تم التعاقد عليها مؤخراً مثل: مشروع الهواد الزراعي وخط السكة الحديد القاري بين بورتسودان وادري التشادية، واعتبر ذلك استمراراً في سياسة النظام البائد في التفريط في السيادة الوطنية والتبعية الاقتصادية واستمرار سياسة القمع.